آية اللّه العظمى حاج شيخ محمد طاهر آل شبير خاقانى قدس‏ سره در شامگاه نهم ذى القعده سال 1328 قمرى در شهر اجداد و نياكان خود، خرمشهر ديده به جهان گشود.
ايشان در خانواده فضل و دانش، رشد يافت و تحصيلات مقدماتى خويش را آغاز نمود. مقدمات علوم را كه خميرمايه دانش و جوهره علم دين بود را نزد پدر بزرگوارش (شيخ عبدالحميد) آموخت، سپس براى روح تشنه علم خويش، راهى جز ساحل آرام و معنوى نجف اشرف نيافت.

ايشان كه از كرانه جنوب و آفتاب تفتيده خرمشهر به نجف اشرف هجرتى براى كسب علم داشت، هميشه در سعى و تلاش بوده، آرامشى عجيب داشت؛ اما در درون خود ملتهب و ناآرام بود. صبور بود و شكيبا، بى باك و بدون چشم داشت ستايشى.
در نجف فرصت را غنيمت شمرد و براى شروع جهاد فكرى و عقيدتى خويش به شاگردى قلّه هاى رفيع علم و استوانه هاى سترگ دانش نشست و بلافاصله نخست در درس علامه ميرزاى نائينى شركت نمود. اين آغاز مرزبانى و نگاهبانى از مكتب تشيع علوى بود.
سپس فقه و اصول را نزد شاگرد علامه، مرحوم آية اللّه ميرزا موسى خوانسارى به پايان رساند. او در نجف افكار بلند و مقاصد تابناكى داشت و همين خصوصيت باعث شده بود، عزم جزم كرده و بر غناى علمى خويش بيفزايد.
در اين ميان در حلقه درس مرحوم آية اللّه العظمى شيخ محمد حسين اصفهانى معروف به «كمپانى» حضور يافته و شاگردى در مكتب علمى او را پذيرفت. از استاد بهره علمى و استفاده كامل برد.
آوازه و شهرت علمى فقيه بزرگ دوران و مرجع عاليقدر زمانه مرحوم آية اللّه العظمى آقا سيد ابوالحسن اصفهانى، او را بر آن داشت تا پايه هاى استوانه علمى خويش را محكم تر نمايد و از فروغ انوار آن مرد الهى توشه گيرد، لذا در درس فقه و اصول آن مرجع بزرگ شركت جست.
فراوانى اساتيد در نجف و حوزه بزرگ و عظيم آن از الطاف خفيه الهى بود؛ شوق كسب علم دين و آشنايى با معارف اهل بيت عليهم السلام موجب شد تا در كسوت شاگردى حضرت آية اللّه العظمى آقا ضياء الدين عراقى درآمده و به آن افتخار كند.
او در اين راه از هيچ كوششى دريغ نكرد و در حوزه نجف فرصت غنيمت شمرده و در زمره شاگردان آية اللّه سيد ابوتراب خوانسارى درآمد و از محضر نورانى آن عالم بزرگ استفاده برد.
شيخ محمد طاهر كه قرار بود قلّه اى افراشته از قلّه هاى بلند انديشه و علم شود، به فقه و اصول بسنده نكرد و حكمت و فلسفه را در محضر آقا سيد حسين بادكوبه اى فراگرفت.

مرحوم آية اللّه العظمى شيخ محمد طاهر آل شبير خاقانى قدس سره رفته رفته در نجف اشرف تحصيلات عالى خود را كامل كرده و موفق شد از اساتيد بزرگ خود، آيات عظام:
1 ـ آقا ضياءالدين عراقى
2 ـ آقا سيد ابوالحسن اصفهانى
3 ـ شيخ محمد حسين اصفهانى (كمپانى)
اجازه اجتهاد مطلق دريافت كرد و به افتخار بزرگى نائل آمد.
جاى بسى شگفتى است كه او به مرحله اى از علم دين رسيده بود كه مورد تأييد سه تن از استوانه اى علمى نجف اشرف رسيد. اين نشان دهنده جايگاه رفيع علمى او و اطمينان مجتهدان عصر و عالمان فقه و اصول نسبت به او بوده است.

مرحوم حضرت آية اللّه العظمى ضياء الدين عراقى قدس ‏سره در متن اجازه اجتهاد ايشان، با عبارتى عجيب، شگفت و رسا از ايشان به نيكى ياد كرده است و او را چشم و چراغ دانش مى‏نامد.
استاد بزرگوارش، عالم بزرگ مرحوم حضرت آية اللّه العظمى ضياء الدين عراقى قدس‏سره، او را بر قله‏هاى دانش و معارف اسلامى استوار مى‏ يابد و چنين مى‏ نگارد:
بسم اللّه الرحمن الرحيم
الحمد للّه ربّ العالمين و أفضل التحياة و الصلوة على أشرف خلقه و سادة بريّته محمّد و آله الطاهرين و اللعنة على أعدائهم أجمعين الى يوم الدين.
أما بعد، فان جناب العالم العامل و الفاضل الكامل قرة عين العلم صفوة المجتهدين الاعلام، الجامع المعقول و المنقول و الحاوى للفروع و الاصول حضرة الشيخ محمّد طاهر نجل حجة الاسلام الشيخ عبدالحميد آل شبير ادام اللّه افضاله ممّن بذل جهده في اكتساب العلوم الشرعية مستمداً من الجهابذة و أساطين العلماء و قد حضر أبحاثي اصولاً و فقهاً سنين متطاوله و دوراه عديده فاستفاد و اجاد بنظر و تحقيق و تفهم و تدقيق حتى بلغ بحمد اللّه مرتبة الاجتهاد و فاز بفضيلة ملكة الاستنباط، فشكر اللّه سعيه و جزاه عن العلم و اهله خيراً و له أن يروى عني جميع ما صحت لي روايته و ان لا ينساني من صالح الدعواة كما لا انساه ان شاء اللّه‏.
1259 ـ (هجرى قمرى)
من الاحقر ضياء الدين عراقى
اندكى مطالعه و دقت در عبارات اجازه اجتهاد ايشان، انسان را به تحسين و تعظيم در برابر مقام علمى و پايگاه قوى ايشان در عرصه معارف الهى و اسلامى وا مى‏دارد. استاد چه زيبا شاگرد خويش را مى‏ستايد و به او راه نشان مى‏دهد و همانند سلف صالح خويش، بلوغ و كمال علمى شاگرد را صحه گذاشته و عبارات نغز و بديع در وصف شاگرد را با دست خود قلم مى‏زند.
فكر و انديشه آن گاه به شيرينى تعالى مى‏رسد كه اين عبارت را مى‏نگرد و شعفى روشن، تمام وجودش را در بر مى‏گيرد، استاد الفقهاء جناب مرحوم آية اللّه العظمى ضياء الدين عراقى، او را بدين عبارات بزرگ و سترگ مى‏ستايد:
«عالم و دانشمند عامل، فاضلى كامل، چشم و چراغ دانش، برگزيده و سرآمد مجتهدان بزرگ و نامى، جامع معقول و منقول، در بر دارنده فروع و اصول و …».

ديرى نمى پايد كه حضرت آية اللّه العظمى محمد طاهر آل شبير خاقانى  قدس سره مقام علمى خود را به منصه ظهور رسانده و كمالات علمى و دينى خويش را نمايان ساخته و مفتخر به كسب اجازه اجتهاد از مرجع بزرگى از اعاظم مراجع نجف، حضرت آية اللّه العظمى سيد ابوالحسن اصفهانى  قدس سرهمى گردد.

حضرت آية اللّه العظمى سيد ابوالحسن اصفهانى  قدس سره در اجازه اجتهادى كه به ايشان اعطا مى نمايند، در وصف ايشان، تعبير عجيبى به كار مى برند؛ حضرت آية اللّه العظمى محمد طاهر آل شبير خاقانى را روشنايى و نورديده ناميده و از تعبير «قرة عينى» استفاده مى نمايند؛ خواندن اين اجازه اجتهاد خالى از لطف نيست:

بسم اللّه الرّحمن الرّحيم

الحمد للّه ربّ العالمين و افضل صلواته و تحياته على خير خلقه محمّد و آله الطاهرين المعصومين و اللعنة على أعدائهم أجمعين.

أما بعد، فانّ جناب العالم العامل و الفاضل الكامل، قرّة عينى، الاعظم عماد العلماء و صفوة الفقهاء، جامع المعقول و المنقول، حاوى الفروع و الاصول، حضرة الشيخ محمّد طاهر نجل حجة الاسلام الشيخ عبدالحميد آل شبير أدام اللّه افضاله ممن بذل جهده في طلب العلم مستمداً من الجهابذة و الا… الحين؛ و قد حضر ابحاثي حضور تفهم و تحقيق و تعمّق و تدقيق حتى بلغ مرتبة الاجتهاد و فاز بملكة الاستنباط فللّه درّة و عليه تعالى اجره، و قد أجزته أن يروي عني جميع ما صحت اليه روايته و ان و اوصيه بجادة الاحتياط و ان لا ينساني من صالح الدعوات كما لا انساه ان شاء اللّه تعالى.

1261 ـ (هجرى قمرى)            

الاحقر ابوالحسن الموسوى الاصفهانى

جاى بسى مباهات و افتخار براى خاندان شبيرى خاقانى است كه عالم بنام و فقيه جهان تشيع حضرت آية اللّه العظمى سيد ابوالحسن اصفهانى از پدر حضرت آية اللّه العظمى محمد شبيرى خاقانى (دامت بركاته) به چه صفات نيكويى ياد مى فرمايد كه كمتر كسى موفق به دريافت چنين نشانى گرديده است؛ اين خود نشانه اى بر مجاهدت علمى و تلاش خستگى ناپذير در راه اسلام و حقيقت دين مى باشد.

آن فقيه وارسته و عالم بزرگ به مرحوم آية اللّه العظمى محمد طاهر شبيرى خاقانى  قدس سره مى فرمايند: «عالمى عامل، فاضلى كامل، نور ديده ام، ستون علما و برگزيده فقها، جامع معقول و منقول»؛ هر يك از اين صفات و عبارات در درون خود حاوى دنيايى از معنا و پيام براى آيندگان بوده است.

با اندكى دقت در عبارات اين اجازه نامه و ساير اجازه نامه هاى ايشان، مى توان به جايگاه رفيع علمى و سرافراز به قله هاى فقه و اصول و سعى و تلاش وصف ناپذير جهت رسيدن به محوريت علم و اجتهاد را يافت.

حوزه نجف همواره محل پرورش مرواريدهاى درخشان علم و انديشه بوده و هست. مرحوم آية اللّه العظمى محمد طاهر آل شبير خاقانى  قدس سره در دوران تحصيل و كسب فيض از علماى برجسته با مرحوم حضرت آية اللّه العظمى سيد ابوالقاسم خويى  قدس سره دوستى ديرينه داشته و همواره در مجالست با هم بوده اند و با يكديگر بسيار صميمى و هم بحث بوده اند.

حضرت آية اللّه العظمى محمد طاهر آل شبير خاقانى  قدس سره در بحث اصول با حضرت آية اللّه العظمى خويى  قدس سره هم بحث و هم درس بوده و داراى مباحثه هاى علمى و مناظره هاى اصولى بودند و به قول حوزويان «هم مباحثه» بودند، چرا كه در اين بحث و نشست ها و گفت و گوهاى علمى با رد و بدل شدن آراء و نظرات مختلف زمينه هاى رشد و پيشرفت مهيا گشته و بسترى براى بروز انديشه هاى علمى فراهم مى آيد.

علاوه بر اين، با ساير استوانه هاى علمى و راهيان انديشه و كمال، علماى گرانقدرى همچون: آية اللّه العظمى سيد محمود شاهرودى، آية اللّه العظمى سيد محمد تقى بحرالعلوم، آية اللّه العظمى شيخ حسين حلى، آية اللّه العظمى شيخ محمد طاهر راضى، آية اللّه العظمى شيخ صدرا بادكوبى و … حشر و نشر داشته و با اين ستاره هاى درخشان علم و فقاهت، هم بحث و هم درس و داراى مراودات علمى بوده اند.

ايشان در طول دوران زندگى پربار خويش، چه قبل از مرجعيت و چه پس از آن، روابط بسيار خوب و مفيدى با مراجع تقليد و علماى اعلام زمان خويش داشتند؛ ديد و بازديدهاى فراوان به مناسبت هاى مختلف، مكاتبات علمى و شخصى ميان ايشان و ساير علما، بيانگر اين مطلب است.

مرحوم آية اللّه شيخ محمد طاهر آل شبير خاقانى  قدس سره پس از تكميل و ترفيع درجه و نائل آمدن به مقام اجتهاد قصد وطن نمود. ايشان پس از چهل سالگى دوباره به زادگاه خويش خرمشهر برگشت.

خوزستان همواره پايگاه علم و اجتهاد بوده است و عالمانى بزرگ و برجسته همانند شيخ انصارى و سايرين از اين ديار مقدس بپاخاسته اند. با ورود مرحوم آية اللّه محمد طاهر آل شبير خاقانى  قدس سره به خرمشهر گويا ابر رحمتى بر زمين خشك و تفيده جنوب سايه افكند؛ وى مورد توجه و استقبال خاص و عام قرار گرفت و با توجه به پيشينه علمى و خانوادگى خويش، عالم برجسته منطقه گرديد و علماى خوزستان به ايشان عشق و ارادت مى ورزيده چرا كه پشت و پناهى يافته بودند.

بسط و گستردگى مرجعيت ايشان به خوزستان و مناطق جنوبى ايران محدود نگرديده و از گسترده مرزها بيرون رفته و شيعيان عراق، كويت، بحرين، عربستان سعودى و ساير كشورهاى خليج فارس ايشان را مرجع تقليد خود دانسته و به ايشان رجوع نمودند.

وى ملجأ و پناه شيعيان عراق، قطيف، احساء، كويت، بحرين و … گرديد. كلاس درس و جلسات علمى ايشان چنان رونق يافت كه گويند در جلسات سخنرانى و وعظ ايشان بيست هزار نفر شركت مى كردند به طورى كه علاوه بر مسجد و مدرسه، خيابان هاى اطراف از جمعيت موج مى زد.

مرحوم آية اللّه شيخ محمد طاهر آل شبير خاقانى  قدس سره در سفرى به حج چنان مورد استقبال مقلدين و ارادتمندان خويش قرار گرفت كه آنان از ايشان درخواست استقبال رسمى در فرودگاه جدّه يا رياض كردند؛ اما خود مرحوم آية اللّه شيخ محمد طاهر آل شبير خاقانى  قدس سره نپذيرفتند.

مرحوم آية اللّه شيخ محمد طاهر آل شبير خاقانى  قدس سره به سبب جايگاه رفيع و بلند علمى خويش و داشتن پايگاه و جايگاه مناسب در ميان مردم خوزستان تنها عالمى دينى منطقه بود كه اقامه نماز جمعه مى نمودند و در آن سال ها اين امر، خود شگفت و قابل تحسين بود.

ناگفته نماند كه نمازهاى جمعه ايشان با رعايت كامل ضوابط حتى مستحبات، اقامه مى گرديد؛ بدين صورت كه عباى خويش را برداشته و پارچه سفيد رنگى روى شانه مى انداختند و روى منبر مى ايستادند و خطبه هاى نماز را به زبان عربى مى خواندند. اين نحوه برپايى نماز جمعه خود شورآفرين و اميدبخش در ميان علما و توده مردم بود و مورد استقبال خاص و عام قرار گرفت.

با پيروزى انقلاب شكوهمند اسلامى و نمايان شدن نقش علماى عامل، رهبر كبير انقلاب امام خمينى  قدس سره طى نامه اى به حضرت آية اللّه شيخ محمد طاهر آل شبير خاقانى  قدس سره خواستار تشكيل كميته در مناطق خوزستان و سر و سامان دادن به اوضاع منطقه مى گردند؛ حل مشكلات و رفع آن را در گرو همت والاى علماى بلاد مى دانند.

اعتماد كامل، برپايى حكومت دينى، ارتباط تنگاتنگ بين علما، موجب آن گرديد كه رهبر كبير انقلاب  قدس سره ضمن تقدير و تشكر از زحمات معظم له در طول نهضت مقدس اسلامى، از ايشان بخواهند به تشكيل كميته ها و مراقب از امور منطقه بپردازند و از آحاد مردم و تمامى گروه ها، اعم از عرب و عجم و ساير اقشار مى خواهند كه پشتيبانى و حمايت خود را از حضرت آية اللّه شيخ محمد طاهر آل شبير خاقانى  قدس سره اعلام دارند و آن را به اثبات برسانند.

در تاريخ 1 اسفند 1357 شمسى مصادف با 22 ربيع الاول 1399 قمرى، طى نامه اى به حضرت آية اللّه العظمى شيخ محمد طاهر آل شبير خاقانى  قدس سره مى فرمايند:

به عرض عالى مى رساند، پس از اهداى سلام و تحيت، از زحمات جنابعالى در اين نهضت مقدس تقدير و تشكر مى كنم. اكنون كه بحمد اللّه پيروزى ابتدايى حاصل است، مشكلات زياد است و بايد با همت والاى علماى اعلام بلاد به رفع آن كوشيد. جنابعالى در آن حدود كه تشريف داريد به واسطه نزديكى به سرحد ـ كه بسيار حساس و لازم است ـ با تشكيل كميته هايى، مراقبت از امور منطقه بفرماييد، چنانچه تاكنون فرموده ايد.

از قرار مسموع بعض عناصر در امورى كه متكفل هستيد، كارشكنى مى كنند. از اهالى محترم آن حدود مى خواهم كه با پشتيبانى از جنابعالى، نقشه هاى شوم را خنثى نمايند. اميد است ان شاء اللّه تعالى با همت جنابعالى و ساير برادران آن حدود، نظم آن جا برقرار شود. والسلام عليكم و رحمة اللّه

روح اللّه الموسوى الخمينى^[1]

[1] . صحيفه امام، ج 6، ص 210 .

يك ماه پس از اين كه امام خمينى  قدس سره خواستار تشكيل كميته هاى انقلاب توسط حضرت آية اللّه العظمى شبيرى خاقانى  قدس سره شدند، مجدداً طى نامه اى از زحمات معظم له تشكر و قدردانى نموده و خواستار وحدت كلمه بين گروه هاى مختلف مردم گشتند و از معظم له خواستند كه سلام و تحيت خود را به مردم آن منطقه برسانند.

رهبر كبير انقلاب امام خمينى در تاريخ 2 فروردين 1358 شمسى مصادف با 23 ربيع الثانى 1399 قمرى، طى نامه اى خطاب به آية اللّه العظمى شيخ محمد طاهر آل شبير خاقانى  قدس سرهمى فرمايند:

پس از اهداى سلام و تحيت، اين جانب از زحمات جنابعالى در آن نواحى كه از حساس ترين نواحى است، متشكرم. جنابعالى مى دانيد كه در اسلام عزيز هيچ مسائل طايفى مطرح نيست و مسلمين همه با هم برادر و يد واحده هستند بر ما سواى خود. من از زمزمه هايى كه در بعض نواحى كشور در كار است براى شكاف بين طوايف مسلمين، بسيار متأسف و متأثرم. ما برادران عرب را به جان و دل خواهان و آنان را از خود و خود را از آنان مى دانيم. اسلام عزيز از بركات عظيم رسول اكرم  صلى الله عليه و آله است كه فخر عالَم و از مكه مكرمه، ظهور فرموده اند؛ و ما از اين جهت به ملت عرب احترام بسيار عظيم قائل هستيم.

اسلام امر فرموده كه مسلمين از هر طايفه اى هستند، برادرند؛ عرب و عجم، كُرد و ترك و فارس و غير آن مطرح نيست؛ تمام طوايف در اسلام و جمهورى اسلامى به حقوق حقه خود خواهند رسيد.

جنابعالى به برادران عزيز عرب و عجم آن ناحيه از قِبَل اين جانب، سلام و تحيت وافر برسانيد. من خدمتگزار ملت هستم و اين چند روز آخر عمر را وقف خدمت به برادران خود نمودم. از خداوند تعالى وحدت كلمه و ايمان راسخ همه را خواستارم، و از جنابعالى متشكرم. والسلام عليكم و رحمة اللّه و بركاته.

روح اللّه الموسوى الخمينى^[1]

[1] . صحيفه امام، ج 6، ص 403 .

جايگاه رفيع علمى، پايگاه مستحكم مردمى، داشتن اصالت خانوادگى و … موجب آن گرديد كه در پس از پيروزى انقلاب اسلامى حضرت آية اللّه العظمى شيخ محمد طاهر آل شبير خاقانى  قدس سره و دفتر ايشان، محل رجوع اقشار مختلف مردم گردد و خواستار حل مشكلات موجود گشتند.

اين امر موجب آن گرديد كه حضرت آية اللّه العظمى شيخ محمدطاهر آل شبير خاقانى  قدس سره نامه اى را به رهبر كبير انقلاب امام خمينى  قدس سره نگاشته و خواستار تعيين قضات شرع گردند.

پاسخ امام خمينى  قدس سره بسيار جالب و درخور توجه است كه نشان از جايگاه والاى آية اللّه العظمى شيخ محمد طاهر آل شبير خاقانى  قدس سرهدر نزد ايشان داشته و در واقع ايشان را با توجه به سابقه و مدارج علمى، در امور مناطق خوزستان مبسوط اليد دانسته و خواستار نظارت بر انجام احسن امور مى گردند.

رهبر كبير انقلاب امام خمينى  قدس سره با معرفى دو نفر جهت امور قضايى، آرزو مى كنند كه با رهبرى هاى معظم له (آية اللّه العظمى شيخ محمد طاهر آل شبير خاقانى  قدس سره) امورات به نحو احسن انجام گيرد.

در پاسخ نامه ايشان به تاريخ 19 فروردين 1358 شمسى مصادف با 10 جمادى الاول 1399 قمرى، چنين مى نگارند:

بسمه تعالى10  / ج 1 / 99

جناب مستطاب آيت اللّه آقاى حاج شيخ محمد طاهر خاقانى (دامت بركاته)

مرقوم محترم واصل، و از مضمون آن اطلاع حاصل گرديد. در مورد اعزام قاضى شرعى به خرمشهر كه مرقوم داشته ايد، متوقع آن بود كه خود جنابعالى كسى را به اين مقام نصب مى كرديد. و اكنون جناب ثقة الاسلام و المسلمين آقاى حاج شيخ حسن شريعتى و جناب ثقة الاسلام و المسلمين حاج شيخ مرتضى مقتدايى (دامت افاضاتهما) بدين منظور بدانجا مى آيند.

اميد است ان شاء اللّه تعالى با رهبرى هاى جنابعالى، وظايف محوله را به نحو احسن انجام دهند. از خداى تعالى موفقيت آن جناب را خواستارم. و السلام عليكم و رحمة اللّه .

روح اللّه الموسوى الخمينى^[1]

[1] . صحيفه امام، ج 6، ص 511 .

مرحوم آية اللّه شيخ محمد طاهر آل شبير خاقانى  قدس سره به دعوت جمعى از علما و فضلا و اساطين حوزه علميه قم در زادروز ميلاد باسعادت سيدالشهداء  عليه السلام سوم شعبان سال 1395 قمرى وارد شهر قم شدند و مورد استقبال پرشور و گرم علما و اساتيد حوزه و طبقات مختلف مردم قرار گرفتند.

گروه زيادى از مردم و اقشار مختلف، دسته دسته به خارج شهر رفته و مراسم استقبال را از آن جا آغاز كردند. در اين مراسم علامه سيد عبداللّه غريفى به نمايندگى از طلاب خليج فارس و يكى از فضلاى حوزه علميه قم به نمايندگى از طرف طلاب خوزستانى مقيم قم به ايشان خير مقدم گفته و ورود ايشان را گرامى داشتند.

مرحوم آية اللّه شيخ محمد طاهر آل شبير خاقانى  قدس سره از آن تاريخ تا پايان عمر با بركت خويش ايام درسى حوزه را در شهر قم سپرى مى كردند و حوزه درس ايشان پذيراى طلاب علوم دينى و مشتاقان فراوانى بود. طلاب و فضلاى حوزه از اين منبع جوشان علم و دانش كه بازمانده بزرگان و سلف صالح خويش بود، توشه برمى گرفتند و بر غناى علمى و دانش حوزوى خويش مى افزودند.

جايگاه علمى و شهرت مرحوم آية اللّه شيخ محمد طاهر آل شبير خاقانى  قدس سره به گونه اى بود كه ملجأ و پناه تمام علما و فضلا بودند و مراودات فراوانى بين ايشان و ساير علما هميشه برقرار بود.

هنگامى كه به شهر مقدس قم وارد شدند مورد استقبال جمعى از علما قرار گرفته و به ديدار ايشان شتافتند از جمله: مرحوم آية اللّه العظمى روح اللّه موسوى خمينى  قدس سره (امام خمينى)، مرحوم آية اللّه العظمى گلپايگانى  قدس سره، مرحوم آية اللّه العظمى شيخ هاشم آملى  قدس سره، مرحوم آية اللّه العظمى شريعتمدارى  قدس سره، آية اللّه العظمى مكارم شيرازى، آية اللّه العظمى سبحانى و … .

رابطه صميمانه مرحوم آية اللّه شيخ محمد طاهر آل شبير خاقانى  قدس سرهبا حضرت امام خمينى  قدس سره از زمان هاى دور و در نجف و پاريس برقرار بود و ايشان همواره به حضرت امام خمينى  قدس سره مى فرمودند: «منطقه جنوب و خوزستان در اختيار شماست و شما بايد درباره آن تصميم بگيريد» اوج و تبلور اين روابط صميمانه در ديدار حضرت امام خمينى  قدس سره از ايشان در محل بيت شان در قم، پس از انقلاب قابل مشاهده و تعمق است.

با توجه به اين كه بيت ايشان در خرمشهر پايگاه و ملجأ مردم بود و نيز مسجد، مدرسه و كتابخانه امام صادق  عليه السلام مركزى براى مراجعات فضلاى گرامى و علماى مبارز منطقه بود.

بيت ايشان، مركز رفت و آمد علماى بنامى بود كه هر كدام به اقتضاى ضرورياتى با مرحوم آية اللّه العظمى شيخ محمد طاهر آل شبير خاقانى  قدس سرهدر ارتباط بودند از جمله مى توان به حضرات آيات عظام: مكارم شيرازى، جعفر سبحانى، معرفت، جمى، خزعلى و … اشاره كرد.

مرحوم آية اللّه شيخ محمد طاهر آل شبير خاقانى  قدس سره در زمانى كه بهائيت اين فرقه جعلى و ضد دين تصميم گرفته بود كه در خوزستان فعاليت خويش را گسترش دهد، علاوه بر مبارزه علمى با ايشان به مبارزه عملى نيز پرداخت. در آن سال ها بهائى ها تصميم گرفته بودند كه پايگاهى به نام «حظيرة القدس» بپا نمايند، بدين منظور به دنبال خريد زمين و عوام فريبى مردم بودند. مرحوم آية اللّه شيخ محمد طاهر آل شبير خاقانى  قدس سره به محض اطلاع يافتن از اين موضوع، هرگاه بهائى ها تصميم مى گرفتند زمينى را خريدارى نمايند، ايشان با قيمتى بالاتر آن زمين را خريدارى مى نمود و تبديل به مركز دينى و فعاليت هاى مذهبى مى نمود.

بدين ترتيب علاوه بر مبارزه علمى در راه مبارزه گسترده عملى با آنان نيز موفق بوده و آنان هيچ گاه نتوانستند پايگاه براى خود در خوزستان برپا سازند.

مرحوم آية اللّه شيخ محمد طاهر آل شبير خاقانى  قدس سره عشق و علاقه وافرى به تدريس و تشكيل حلقه هاى علمى داشتند. مجلس درس ايشان در نجف اشرف، معروف و مشهور بوده است.

ايشان به حدى به درس و بحث علاقه و اهتمام نشان مى دادند به طورى كه در هر جا بودند، مجلس درس را برپا كرده و بحث علمى را رونق بخشيده و آموخته هاى خويش را به طلاب منقل مى كردند. مجلس درس ايشان در نجف، خرمشهر و قم مورد استقبال طلاب و فضلاى علوم دينى بود.

ايشان در طول زندگى پر بار و با بركت خويش تأليفات و تصنيفات زيادى داشته و آثار علمى فراوانى به يادگار گذاشته اند كه به چند نمونه از آن اشاره مى كنيم:

1 ـ انوار المسائل

فرهنگ نامه اى در علم فقه استدلالى است كه در ضمن آن به قواعد علم رجال و مقارنه فقه شيعه با فقه عامه و بيان اشكالات وارده به آنها پرداخته و همه باب هاى فقهى را شامل مى شود. ايشان، اين كتاب در شرح كتاب انوار وسائل الشيعه» نگاشتند و نزديك به 30 جلد مى باشد.

2 ـ المثل فى القواعد الاصوليه

كتابى پربار و پرمحتوا در علم اصول كه به قواعد علم اصول و شيوه هاى مستدل اصول پرداخته شده است.

3 ـ تفسير قرآن كريم

ايشان قرآن كريم را با شيوه مخصوص خود و با توجه به داشته هاى علمى در طول دوران تحصيل علم و مؤانست با قرآن كريم، تفسير نموده اند.

4 ـ المثل الاعلى فى الفلسفه

مجموعه اى است ارزشمند و گرانبها درباره فلسفه و حكمت كه در آن به حكمت الهى و مادى اشاره شده است و در ضمن آن به فلسفه نوين پرداخته و هر دو را به گونه اى بديع در 6 جلد توضيح داده شده است.

5 ـ الكلم الطيب

مجموعه اى از استفتائات معظم له كه به صورت پرسش و پاسخ به شيوه استدلالى بيان شده است و شامل ابواب مختلف فقه و مسائل ايشان همراه با جواب هاى استدلالى وى مى باشد. اين كتاب شامل ابواب مختلف فقه و مسائل ارزشمند غيرفقهى است.

6 ـ اوثق العرى

كتابى فقهى و پربار است كه حاشيه ايشان بر «عروة الوثقى» است. در اين كتاب به شيوه اى نوين علاوه بر حاشيه نگارى، اشاره اجمالى نيز به ادله شده است.

7 ـ رسالة الهدى

همان رساله عمليه معظم له است كه در ابواب مختلف نظرات فقهى خويش را مطرح ساخته كه مورد نياز و مراجعه مقلدين ايشان بوده است.

8 ـ كتاب المواريث

شرحى بر كتاب حدائق است كه در آن به صورت استدلالى و بيان باب هاى مختلف ارث و ميراث و آن چه كه از آنها منتج مى شود، نگاشته شده است.

9 ـ المحاكمات

اثرى ارزنده و درخشان در ميان آثار معظم له است. شرح و تعليقه اى بر كتاب «كفاية الاصول» است. وى در اين كتاب روش ابتكارى بسيار زيبايى را به كار برده به گونه اى كه نخست مقصود را به طور واضح و روشن بيان كرده و سپس آن را نقد مى نمايد و نظرات بزرگان را در آن موضوع بيان كرده و سپس نظر خويش را مطرح مى نمايد. در واقع نوعى به چالش كشيدن ارباب علم و دانش است.

10 ـ كتاب الطلاق

مجموعه اى از تقريرات بحث هاى ايشان درباره طلاق است. به فروع مختلف فقهى درباره طلاق پرداخته است. اين تقريرات توسط شاگرد معظم له، حضرت آية اللّه حاج آقا شيخ محمود محسنى تنظيم و منتشر شده است.

11 ـ المحاضرات الفلسفية

مجموعه اى از گفتارهاى فلسفى است كه شامل مهم ترين مبانى فلسفه و حكمت الهى است كه به روشى روان و تعبيرى روشن و قابل درك و فهم نگاشته شده است. اين كتاب مجموعه دروسى است كه ايشان در نجف اشرف فرموده اند.

12 ـ المنطق

كتابى وزين درباره منطق است كه در آن به ابواب مختلف و استدلال هاى منطقى پرداخته شده است. اين كتاب به صورت خطى است و هنوز به زيور چاپ آراسته نگرديده است.

13 ـ المختصر فى الاصول

نوشته اى دقيق و گرانبها در علم اصول است. سزاوار است كه بين معالم و كفايه تدريس شود؛ زيرا در آن دقت كامل شده و مطالب فنى آن به صورت مبسوط و به روشى متين و مستدل بيان شده است.

14 ـ الفطرة

اين كتاب تحت عنوان «فطرت يا دين اسلامى» نگاشته شده است. كتابى ارزشمند و مفيد است كه در آن با دلايل محكم و استدلالى به احكام معاملات و عبادات پرداخته و تمامى آنها را به فطرت بشرى ارجاع داده است.

15 ـ الشركة الحقوق فى التشريع الاسلامى

اين كتاب احاطه علمى ايشان را بر حقوق و احكام اسلامى نشان مى دهد. در اين كتاب به موضوع مشاركت هاى صحيح، شركت و حقوق آنان در احكام اسلامى مى پردازد.

تقدير چنين بود كه در سال 1365 شمسى روح بلند اين عالم ربانى به ملكوت اعلا بپيوندد. ارتحال ملكوتى آن عالم بزرگ و انسان وارسته، ضايعه جبران ناپذيرى براى تشنگان دانش و پويندگان طريق علم و دين بود. آنان كه ساليان سال گلبرگ ايام را با لحظات بودن با او سپرى كرده بودند، خود را در برابر محروميتى جبران ناپذير مى ديدند.

مرحوم آية اللّه شيخ محمد طاهر آل شبير خاقانى  قدس سره، صاحب علم و تقوا و معدن شكيبايى و حلم بود، سخاوتش زبانزد و دانشش آفاق گستر بود. مرزبان هوشيار، مكتب تشيع و مرد بيدار عالم اسلامى و ناخداى كشتى دانش و معنويت بود.

او چهره تابان و چشمگير اوتاد و مردان الهى بود و در طريق سبقت به نيكى ها هميشه در سعى و تلاش بود. او با گفتار خويش زداينده مشكلات و با دانش خويش گشاينده گرفتارى ها بود.

نور برهان و استدلال هاى قاطع و كلام نافذ از او چهره اى سترگ و استوار ساخته بود. كلام شيرين كه ريشه در دانش و علم او داشت، موجب جذب دل ها و پيوستگى قلوب به او شده بود. او مجاهدى بود كه در راه خدا لحظه اى از شماتت شماتتگران نهراسيد و با روحيه و تلاش مثال زدنى در راه علم و دانش گام نهاد.

كسى كه روزگار ديگر به سان او نخواهد ديد، مايه افتخار علماى بزرگ، موجب مباهات فقهاى سترگ و صاحب فضايل بسيار بود. كوچ او از سراى ظلمت و فريب به سراى سرور و نور، موجب حسرت اهل دل و ضربه اى جبران ناپذير بود.

اين مقام شامخ علمى و وارث سلف صالح به فرمان امام خمينى  قدس سرهدر سراى نور و در حرم مطهر حضرت معصومه  عليهاالسلام به خاك سپرده شد تا همواره روح او در فضاى معنويت و گنبدى ملكوتى سير كند؛ روح و رضوان الهى بر او باد، يادش گرامى.